上海公司注册后到所在区国税大厅核定税种、票种，要么是一般纳税人，要么是小规模纳税人。现在基本都是网上办税，需要购买金税盘，买好税盘后，开通网上办税功能，发行税盘，领取发票，最好和银行签订网上缴款三方协议，就可以网上报税了。
一般纳税人：
1、抄税报税：一般情况下，抄税日期为每月8日以前，增值税报税日期为10日以前，所得税为15日以前。一般纳税人可以通过税控盘进行抄报税处理，或者直接到办税厅抄报，向税务机关上传上月开票数据。
2、纳税申报：一般纳税人需登录网上申报软件进行网上申报。我们可以通过税务部门的网上纳税申报系统，将已经在主管税务机关认证过的相关发票数据导入系统。如果有其他扣税凭证数据，则需要手工录入。在此之后，网上申报系统会生成纳税申报资料，我们需要将其导出并加以保存。需要注意的是，如果有税款产生，则需要在网上申报系统里面进行缴款申请。
3、清卡处理：在申报纳税成功后，一般纳税人企业需要进行最后的清卡处理步骤。这时一般纳税人报税已处理成功。
小规模纳税人：
小规模纳税人按季度申报，季度不含税收入高于9万的按全额缴纳增值税。不高于9万的，申报时，填写在免税收入，填写免征增值税。
增值税：一般按月申报.工业企业根据:开具发票金额/(1+6%)×6%申报增值税;商业企业根据：开具发票金额/(1+4%)×4%申报增值税.需要申报的报表有：《小规模纳税人纳税申报表》、《增值税申报附列资料》、《资产负债表》、《损益表》，所有的报表应该都可以从纳税申报系统生成打印，如果需要纸质报表,可以向当地税务机关免费索取。
企业所得税：按季度申报,年底汇算清缴.所得税征收方式可以分为查账征收和核定征收。如果实行查账征收，需要报送的报表很多，并且需要出具由注册会计师签字的查账报告；如果实行核定征收，只需要报送《企业所得税核定征收申报表》。
