自贸区注册外资公司注册资本最低限额为人民币三千万元，外国股东购买并持有可兑换外币的股份占公司注册资本25%以上；有符合股份有限公司要求的公司名称、章程和组织机构；发起人五人以上，其中一半以上必须在中国有住所，发起人中至少一人应为外国股东；需要符合我国吸引外资的产业政策，应当限于目前国家鼓励和允许外商投资的行业。
自贸区注册外资公司首先向政府主管部门提交成立公司的申请、可行性研究报告、资产评估报告等。然后签订有关协议和章程，报商务部审批；发起人与设立公司的协议、章程，经省级商务部门审核同意，报商务部，商务部应在45日内决定是否批准。
主办单位须于30日内持商务部批准证书到银行开立专用账户。在发行批准证书的90天内，发起人应一次性缴足其认缴的公司股份。由董事会向登记机关办理公司注册登记手续。工商局应在收到全部登记文件后30天内完成登记注册手续，并发给营业执照。
虽然上海目前开放了多个自贸区和保税区，办理时间大大加快，基本证件办理从原来的29个工作日变为现在的4个工作日，但凡公司经营范围不在负面清单内，同时也符合法律规定，那么就可以正常进行注册。若是涉及负面清单的话，公司负责人需要获得批复。
